スクラッチ（開発）とは

ターンテーブル上でレコードを逆方向に回転させ、リズムを刻む・・・ではなく、ソフトウェアの開発などをオリジナルで新たに開発することを「スクラッチ開発」といいます。
語源は一緒のようですけどね。

Wikiにはそのあたりの説明がされてました。

スクラッチは英語で「かすり傷」「ひっかき傷」および「ひっかく」行為とその擬音、または派生して「ゼロから」「最初から」などを意味する。

なるほど、そういうことか。